El profesor Aguilera es especialista en procesos de la industria alimentaria y en la caracterización física (térmica, mecánica, reológica, y microestructural) de productos de origen alimentario y biológico.
Director del Laboratorio de Biomateriales, realiza docencia de pregrado en transferencia de masa, operaciones unitarias con material particulado y tecnología de alimentos. A nivel de postgrado, enseña los cursos de Biopolímeros y Desarrollo de productos e innovación.
Ha escrito diez libros sobre temas de su especialidad y publicado sobre cien artículos en revistas internacionales. Es asesor de agencias internacionales (FAO, CEE) y empresas nacionales y extranjeras. Ha participado en proyectos Fondef y Mecesup.